陰離子分析柱是離子色譜系統的心臟，只有性能優良的分析柱才能達到良好的分離效果，這對其材料，填充料（交換樹脂）、柱尺寸、裝柱技術等均有一定的要求。柱兩端均有微孔篩板以防試料或洗脫液中的細微顆粒進入柱中，影響柱中樹脂的滲透性。
它的分離原理：
使用表面有離子交換基團的離子交換劑作為固定相。帶負電荷的交換基團（如磺酸基和羧酸基）可以用于陽離子的分離；帶正電荷的交換基團（如季胺鹽）可以用于陰離子的分離。不同離子與交換基的作用力大小不同，在樹脂中的保留時間長短不同，從而被相互分離。
陰離子分析柱分離系統，過濾和分離：
由保護柱和分析柱組成，保護柱的填料應與分析柱相同。分析柱的填充劑分有機聚合物載體填充劑和無機載體填充劑。
有機聚合物載體填充劑較為常用，載體一般為苯乙烯-二乙烯基苯共聚物、乙基乙烯基苯-二乙烯基苯共聚物、聚甲基丙烯酸酯或聚乙烯聚合物等有機聚合物，在較寬酸堿范圍（pH0-14）內具有較髙的穩定性，且有一定的有機溶劑耐受性。
無機載體填充劑的載體一般為硅膠。在硅膠表面化學鍵合季銨基等陰離子交換功能基或磺酸基、羧酸基等陽離子交換功能基，可分別用于陰離子或陽離子的交換分離，機械穩定性好、在有機溶劑中不會溶脹或收縮，在pH2-8的洗脫液中穩定，一般適用于陽離子樣品的分離。
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